Nuestra facultad inicia sus actividades como Escuela de Medicina, extensión de la Escuela de Medicina de Mexicali por acuerdo del Consejo Universitario el 28 de junio de 1973. Un año después la escuela se independiza de Mexicali e inicia sus operaciones como Escuela de Medicina Tijuana.
Años después, en 2017 se aprueba en el Consejo Universitario la creación de la Licenciatura en nutrición, de la Maestría en Psicología de la Salud y del Doctorado en nutrición y Ciencias de la Conducta.
En 2018 se obtiene la aprobación para la Maestría en Ciencias Médicas y la Maestría en Nutrición.